- L'assemblée plénière réunit les membres des huit collèges et les membres consultatifs. Elle rend un avis sur le PRS, le plan stratégique régional de santé, les projets de schémas régionaux de prévention, d'organisation des soins et médico-sociale et le rapport annuel sur le respect des droits des usagers.

- La commission permanente exerce en dehors des séances plénières l'ensemble des attributions dévolues à la Conférence. Elle est chargée de préparer l'avis rendu par la Conférence sur le plan stratégique régional de santé, de rendre un rapport annuel d'activité, de formuler un avis lorsque la consultation de la Conférence implique l'avis de plus de deux commissions spécialisées, de préparer les éléments soumis au débat public.

- La commission spécialisée de la prévention prépare un avis sur le projet régional de prévention dont elle assure le suivi et l'évaluation. Elle formule toute proposition sur la politique, notamment en vue de réduire les inégalités.

- La commission spécialisée de l'organisation des soins prépare un avis sur le projet de schéma régional d'organisation des soins dans ses volets hospitalier et ambulatoire. L'ARS consulte cette commission sur les autorisations, la politique d'implantation, l'activité des professionnels de santé dans les territoires, l'aide médicale urgente et la permanence des soins, l'organisation des transports sanitaires, la création des établissements publics de santé et des groupements de coopération sanitaire, la politique de contractualisation.

- La commission spécialisée pour la prise en charge et l'accompagnement médico-sociaux est chargée de préparer un avis sur le projet régional de l'organisation médico-sociale, de proposer à l'assemblée plénière des priorités pour l'action médico-sociale, d'émettre un avis sur le Programme interdépartemental d'accompagnement des handicaps et de la perte d'autonomie (PRIAC), de formuler toute proposition et d'élaborer un rapport d'activité tous les quatre ans.

- La commission spécialisée dans le domaine des droits des usagers du système de santé élabore avec les autres commissions spécialisées un rapport spécifique sur l'évaluation des conditions dans lesquelles sont appliquées et respectés les droits des usagers, de l'égalité d'accès aux services de santé et de la qualité des prises en charge dans les domaines sanitaire et médico-social.