Lors de son installation, la Conférence, réunie en assemblée plénière, élit son président et constitue la commission permanente et les commissions spécialisées.
Chaque commission, excepté la commission permanente, élit un président et un vice président.
Le président de la commission permanente est le président de la CRSA. La durée du mandat des membres de la Conférence régionale de santé et de l'autonomie est de quatre ans.

Le 29 juin 2010, les présidents et vices-présidents de la CRSA ont été élus.
Président de la CRSA : Jean-Pierre Canarelli
Commission spécialisée de la prévention : Président : Gérard Dubois ; Vice-Président : Guy Bruet
Commission spécialisée de l'organisation des soins : Président : Brigitte Duval ; Vice-Président : François Zanaska
Commission spécialisée pour la prise en charge et l'accompagnement médico-sociaux : Président : Thibault D'Amecourt ; Vice-Président : M. Christel Roussel
Commission spécialisée dans le domaine des droits des usagers du système de santé : Président : Henri Barbier ; Vice-Président : Jean Claude Marion
Composition de la CRSA :
Composition des commissions de la CRSA :